mNGS病原微生物检测解决方案


病原微生物可以侵犯人体,引起感染病或传染病,一直备受临床关注。新型冠状病毒肺炎全球大流行,给世界经济和人类健康带来严峻挑战,更让病原的精准快速检测成为社会迫切的需求。

 宏 基 因 组 测 序 (metagenomics next‑generation sequencing,mNGS)是基于高通量测序技术对各种临床样本中的全部生物基因组进行测序的实验室诊断技术,与其它常见微生物鉴定方法相比具有通量大、可同时检测上万种微生物等优势,近年来已逐渐应用于各种感染性疾病的诊断,对不明原因的危急重感染的病原学诊断以及新发突发传染病的病原体发现发挥了重要作用。

 病原微生物宏基因组基于底层测序技术的高通量优势,可一次性检测出样本中所有种类病原微生物测序数据,通过专门的病原数据库比对,获得疑似致病微生物的种属信息,为疑难危重感染提供快速精准诊断依据。


mNGS检测优势


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为满足临床病原微生物的检测,进一步为疑难危重感染提供快速精准的诊断依据,全式金推出样本保存、宿主DNA去除、微生物核酸提取及DNA文库构建相关产品,提供宏基因组文库制备的上下游整体解决方案。


样本保存

TransGuard® Disposable Virus Sampling Tube

• 灭活病毒,有效防止运输和检测过程中出现二次污染。

• 保存稳定,常温下保存一周病毒核酸不降解。

• 常温下运输和保存,无需冷链。

• 检出率高,可兼容多种病毒核酸提取试剂。

• 操作简便,无需经过专业培训,可自行采样。

TransGuard® Fecal DNA Sampling Tube

• 安全灭活,有效防止运输和检测过程中的二次污染。

• 保存稳定,常温下保存 3 个月样本核酸不降解。

• 常温下运输和保存,无需冷链。

• 操作简便,无需经过专业培训,可自行采样。

TransGuard® Buccal Swab DNA Preservation Buffer

• 安全灭活,有效防止运输和检测过程中出现二次污染。

• 保存稳定,常温下保存 6 个月样本核酸不降解。

• 常温下运输和保存,无需冷链。

• 操作简便,无需经过专业培训,可自行采样。



宿主核酸去除

TransNGS® Host DNA Depletion Kit

本产品适用于从血液、肺泡灌洗液、液化痰液、鼻咽或口咽拭子、胸腹水、脑脊液、羊水等生物样品中差异性裂解人源细胞,并去除人源核酸。

产品特点:

• 简便省时:操作简便,50 min完成人源宿主核酸去除。

• 高效去除:专用裂解液,高效去除人源宿主核酸,提高微生物检出率。

• 兼容多种提取平台:可兼容柱提法及磁珠法等多种下游提取方式。

• 适用样本范围广:适用于血液、肺泡灌洗液、液化痰液、鼻咽或口咽拭子、胸腹水、脑脊液、羊水等多种生物液体样本。


高效去除宿主核酸


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分别使用TransGen 、Company V和Company Q同类产品处理不同样本,搭配各自适配的柱提法病原微生物核酸提取产品提取核酸,并对宿主保守基因进行qPCR定量检测。结果表明: TransGen 产品可以有效清除宿主核酸,且清除效率显著优于 Company V 和 Company Q 同类产品。



适用于建库分析,提高微生物检出水平


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分别以咽拭子、痰液、腹水和胸水去除宿主核酸后提取的产物为样本,进行文库构建及 PE150 测序分析。结果显示,TransGen 产品可以显著降低宿主序列占比。


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以 TransGen 、Company V 和 Company Q 产品去除咽拭子宿主核酸前、后提取的产物为样本,进行文库构建及 PE150 测序分析。结果显示,TransGen 产品可以显著提高微生物检出水平。


核酸提取

 

EasyPure® Microbiome DNA Isolation Kit

本产品采用硅胶膜离心柱特异吸附微生物DNA,分离富集的DNA适用于多种下游应用,包括PCR、qPCR、宏基因组或16S rDNA文库构建等实验。

产品特点:

• 高质量、高得率满足多种下游检测需求。

• 严控试剂背景菌污染,降低假阳性风险。

• 提取效果好,高、低浓度模板均能获得高效提取。

• 适用于从适用于从血液、肺泡灌洗液、液化痰液、鼻咽或口咽拭子、胸腹水、脑脊液、羊水等样本中提取微生物DNA。


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将高、低两种起始量的不同病原菌稀释液添加至咽拭子、痰液、胸水、腹水样本中,分别使用TransGen 、Company V 和 Company Q 产品提取核酸,qPCR 检测提取效果。结果表明:TransGen 产品对不同样本中不同微生物的提取效率均优于竞品。



MagicPure® 32 Microbiome DNA Isolation Kit

本产品利用硅基磁珠特异性吸附微生物DNA,获得的DNA适用于多种下游应用,包括PCR、qPCR、• 宏基因组或16S rDNA文库构建等实验。

产品特点:

• 高通量提取,操作简便,速度快。

• 高质量、更高得率满足多种下游多种检测需求。

• 更低的试剂背景降低假阳性风险。

• 适用于32通道磁棒式自动化核酸提取仪。

• 适用于从血液、肺泡灌洗液、液化痰液、鼻咽或口咽拭子、胸腹水、脑脊液、羊水等样本中提取微生物DNA。


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将高、低两种起始量的不同菌种稀释液添加至咽拭子、痰液、胸水、腹水样本中,使用 TransGen 柱提法和磁珠法产品提取核酸,qPCR 检测提取效果。结果表明,TransGen 磁珠法与柱提法产品均可对高、低起始量样本进行高效提取。



文库构建

 

TransNGS® Microbiome DNA Library Prep Kit for Illumina®

针对Illumina高通量测序平台开发的,适用于1 ng从血液、肺泡灌洗液、痰液、鼻咽或口咽拭子、胸腹水、脑脊液、羊水等生物样品中获取的微生物基因组DNA进行文库制备的试剂盒。

产品特点:

•  建库用量低:仅需1 ng DNA即可建库。

•  适用样本广泛:血液、痰液、鼻咽或口咽拭子等多种来源的样本DNA均可达到较好的建库效果。

•  建库时间短:90 min即可完成文库构建。

•  无偏好性:建库测序结果与预期一致。


宏基因组建库原理图


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多样本建库峰型


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使用 TransGen 和 Company V 产品分别以 1 ng 口咽拭子、痰液和血液的基因组为样本进行文库构建。


临床模拟样本建库


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